三ヶ所神社は古くから二上山天孫降臨の聖地の山岳信仰に関わる神社です。
当神社の主祭神はイザナギ、イザナミの命で夫婦和合、縁結びの神様です。
また、合祀神はニニギノ命、サルタヒコの命、スガワラミチザネ公です。
三ヶ所神社の御神体ともいうべき山は、男嶽、女嶽からなる二つの峰で
男嶽(1060メートル)の9合目に奥宮があります。

伝承によると、当神社は昌泰年間(平安時代)頃に創建されました。
江戸幕府第11代将軍 徳川家斉の時代になると、
当時の延岡藩主の篤い信仰から、豊後の宮大工棟梁牧彦兵衛以下15名が招かれ、
後の世に伝わる見事な社殿彫刻がほどこされました。
牧彦兵衛は京都九条家出入りの名工と伝えられています